Las banderas estadounidensas fueron sustituidas durante la noche.
Se desconocen las razones del hecho.
Cinco personas estaban en el puente en el momento del cambio.
Las autoridades de Nueva York iniciaron una investigación para determinar quién izó dos banderas blancas en las torres del puente de Brooklyn.
Las banderas blancas ondearon en sustitución de las estadounidenses que presiden las torres de cada extremo del puente.
Las cámaras de seguridad captaron a hasta cinco personas en el puente en los minutos previos al cambio.
La policía dijo que no se va a tomar los hechos como una broma.
"Mantenemos estas cosas en perspectiva como lo que son, pero también queremos dejar claro que va a haber una investigación", dijo John Miller, vicecomisario para Inteligencia y Contraterrorismo del Departamento de Policía de Nueva York.
"Serán perseguidos. No nos tomamos estas cosas a la ligera o como un chiste o como arte", agregó.
El oficial explicó que las cámaras de seguridad muestran a entre cuatro y cinco personas cruzando el puente poco después de las tres de la mañana.
Alrededor de las tres y media, una luz que iluminaba la bandera estadounidense en el lado que desemboca en Brooklyn se apagó. Lo mismo ocurrió en el lado que llega a Manhattan algo más de diez minutos después.
A las 05:30 horas, trabajadores del puente se percataron de que habían sido sustituidas las banderas.
Policías entrenados para escalar por el puente encontraron lo que parecían ser banderas estadounidenses con las barras rojas y el fondo azul pintado de blanco.
Las puertas de seguridad bajo cada torre estaban cerradas cuando llegaron las autoridades.
"Hubo bastante preparación y planificación", dijo Miller, al tiempo que destacó que los autores deben tener experiencia en escalar, en la construcción o en trabajar en el puente.
Pero, agregó, el incidente no parecía tener "nexos prácticos con terrorismo o incluso política".
Las autoridades sacaron las banderas blancas y ahora están buscando pistas en redes sociales.
