Las autoridades ordenaron la evacuación momentánea de unas cinco millones de personas.
El primer ministro, Shinzo Abe, llamó a tomar medidas que prioricen el "salvamento de vidas".
Se prevé que las lluvias continúen y se registre un récord hasta el domingo.
Al menos 38 personas han muerto y medio centenar está desaparecida a causa de las inundaciones y derrumbamientos de tierra provocados por las lluvias torrenciales en la mitad sur de Japón.
Las víctimas, de entre 40 y 90 años, se han registrado en las prefecturas de Ehime, Hiroshima y Okayama (oeste), según los últimos datos recogidos por la cadena pública NHK, que retransmite en directo imágenes de localidades inundadas, casas parcialmente sepultadas en laderas montañosas, y puentes y carreteras destruidos.
La Agencia Meteorológica de Japón (JMA) mantiene en alerta máxima las prefecturas de Kioto, Hyogo (oeste) y Gifu (centro), tras haber levantando progresivamente las que impuso entre el viernes y este sábado en Fukuoka, Nagasaki, Saga, Hiroshima, Okayama y Tottori.
Otras 30 prefecturas del archipiélago nipón permanecen en alerta por inundaciones y deslizamientos de tierra que llevaron a las autoridades a ordenar este sábado momentáneamente la evacuación de casi 5 millones de personas por las lluvias torrenciales.
La mayoría de los fallecidos fueron arrastrados por las crecidas de los ríos, cayeron accidentalmente en sus caudales o fueron sorprendidos en sus viviendas por aludes de tierra, recogieron los medios locales.
En Okayama, la inundación de una residencia de ancianos provocó que cerca de 80 personas quedaran temporalmente aisladas, mientras que más de una decena de ciudadanos se refugió en el tejado de su vivienda para huir de los desbordamientos, detalló la agencia Kyodo.
Los cuerpos de seguridad recibieron más de un centenar de peticiones de rescate, dijo esta jornada el ministro portavoz del Ejecutivo, Yoshihide Suga, en una rueda de prensa recogida por la agencia, en la que detalló que el Gobierno ha establecido un gabinete de crisis.
El primer ministro japonés, Shinzo Abe, calificó de "muy seria" la situación y pidió a las autoridades locales que prioricen "el salvamento de vidas" y tomen medidas para evitar más daños.
Cerca de 50 mil efectivos participan en rescates
Unos 650 miembros de las Fuerzas de Autodefensa (ejército nipón) están participando en las labores de rescate, y otros 21.000 están preparados para ser desplegados, dijo por su parte el ministro nipón de Defensa, Itsunori Onodera, en unas declaraciones a los medios.
Unos 48.000 efectivos, entre soldados, policías y bomberos, están inmersos en las labores de rescate de heridos, desaparecidos y fallecidos, detalló Kyodo.
Las intensas lluvias en Japón comenzaron el jueves y el organismo meteorológico local pronostica lluvias récord hasta el domingo.
