A juicio del secretario de Estado el cobro de patentes a los colegios subvencionados particulares está normado por ley, desde 1999, por lo que si un alcalde no lo efectúa, el concejo municipal lo puede acusar de notable abandono de deberes. Agregó que las entidades de este tipo deben realizar un pago de entre 0,25 por ciento a 0,5 por ciento de acuerdo al tope de capital declarado por las autoridades del establecimiento.
La decisión del Ejecutivo se basa en una denuncia formulada por el presidente de la Conacep, Walter Oliva, en relación a que algunas municipalidades, como Santiago, Ñuñoa, Las Condes, La Florida y Maipú están cobrando, en promedio, alrededor de siete millones de pesos anuales "con tres años de retroactividad, con multas e intereses penales incluidos.
Indicó que por esta situación hay sostenedores de colegios particulares subvencionados con orden de arresto por lo que si el tema no se soluciona, podrían caer presos, ocasionando la clausura del establecimiento, dejando en la incertidumbre el inicio de clases para los alumnos de los colegios involucrados.
Por su parte, el alcalde de Puente Alto y presidente (s) de la Achiem, Manuel José Ossandón, señaló que su municipalidad se la va a jugar por no cobrar, o por cobrar lo menos posible y de forma proporcional al capital declarado, las patentes comerciales a los colegios particulares subvencionados, que son una buena alternativa de educación. Esta situación podría generar una competencia desleal con las escuelas y liceos municipalizados.
Cabe recordar que la Ley de Rentas Municipales II exime de pago de patentes comerciales a las fundaciones y congregaciones, mientras que incluye a todo tipo de locales y establecimientos comerciales y educacionales particulares subvencionados, mientras que los colegios pagados deben pagar tributos.
De acuerdo a la normativa sólo están exentas del pago de la contribución de patente municipal las personas jurídicas sin fines de lucro que realicen acciones de beneficencia, de culto religioso, culturales, de ayuda mutua de sus asociados, artísticas o deportivas no profesionales y de promoción de intereses comunitarios.